Dentro de los 120 días de finalizado cada año civil el Programa debe presentar ante el Banco Interamericano de Desarrollo y la ANEP los Estados Financieros Auditados. Estos se componen de un Estado de Efectivo Recibido y Desembolsos Efectuados, un Estado de Inversiones Acumuladas y notas explicativas.
Los informes de auditoría son realizados por el Tribunal de Cuentas. Cada informe emite opiniones sobre los Estados Financieros del Proyecto, el estado de las solicitudes de desembolsos y los procesos de adquisiciones.